En tiempos Pre-Hispánicos el territorio que hoy conforma el Estado Mérida estuvo habitado por diversos grupos indígenas, algunos habitaban en las regiones altas y frías del estado y otros en las regiones bajas y cálidas.
Uno de estos grupos indígenas fueron los Timoto-Cuicas, pertenecientes a la cultura Pre-Hispánica Incaica, la más avanzada dentro de las Culturas Pre-Hispánicas Venezolanas. También estaban los Torondoyes, los Timotes, Mucurubaes y Escagueyes que ocupaban las regiones altas y frías del norte de Mérida; así como los Bailadores, Chinatos, Mocoties y Jirajaras que ocupaban la zona del sur.
Actualmente muchos pueblos de Mérida deben su nombre a estos grupos indígenas.
El nombre de Mérida tiene su origen en España. Los romanos en el siglo 26 a.C., fundaron la ciudad de “Emerita Augusta”, que hoy en día conforma la ciudad de Mérida en España y cuyo nombre “Emerita” en su deformación al español se traduce: Mérida.
Mérida fue fundada por el Capitán Juan Rodríguez Suárez, quien nació en Mérida de Extremadura en España y dio el nombre de Santiago de Los Caballeros de Mérida a nuestra ciudad en honor a la tierra que lo vio nacer.
La ciudad fue fundada el 9 de octubre de 1558 cerca de San Juan de Lagunillas, pero en 1561 fue refundada en su actual sitio con el nombre de Santiago de Los Caballeros de Mérida. Posteriormente se fueron fundando los pueblos actuales y ensamblando con el paso del tiempo la cultura española y la cultura indígena, lo que dio origen a los rasgos indohispanos que caracterizan al Merideño actual.
En 1830 se formó la Provincia de Mérida. Más tarde, en 1856, integra la Provincia del Táchira. En 1881 conforma el Gran Estado de Los Andes. En 1899 queda circunscrita a los términos que antes tenía como estado independiente, pero es en 1909 cuando figura como estado Mérida.
Durante la colonia el crecimiento de la ciudad era lento, los traslados a América eran posibles sólo con la autorización del Rey de España por lo cual la inmigración era casi imposible. A principios del siglo XVII la población de la ciudad alcanzaba cerca de 3.300 aborígenes y unas 150 familias de origen español, cifra que para mitad del siglo XVIII, en el año 1763 aumentaría a más de 2.000 ciudadanos de origen español y otros miles más aborígenes.
En 1628 los padres jesuitas abren un colegio en la ciudad, el mismo funciona excelentemente por casi un siglo y medio hasta que los Jesuitas son expulsados de América en 1767 por orden del rey de España, Carlos III.
En 1778 la ciudad fue elevada a sede Episcopal por el Papa Pío VI ante la petición que hiciera el monarca de España. Se nombra a Fray Juan Ramos de Lora como Obispo de la nueva Diócesis, el nuevo Obispo llega a la ciudad en 1785 procedente de México, luego de ver los problemas que presenta la región, decide crear, sin permiso real, el Seminario de San Buenaventura el 29 de marzo de 1785 a fin de dar educación eclesiástica y de legua latina a los jóvenes de la ciudad. El Seminario sería más tarde, la base de la Universidad de los Andes.
El 26 de marzo de 1812 la ciudad se encuentra entre las sacudidas por un movimiento telúrico, llamado el Terremoto del jueves Santo por ocurrir un jueves de la Semana Santa. La ciudad se ve gravemente afectada estimándose más de 800 muertos en la zona de los 4.500 habitantes para el momento. Este hecho se atribuye como una de las causas de la caída de la Primera República.
El 22 de diciembre de 1817 estalla en la ciudad un movimiento independentista llamado La Patriecita, movimiento por el cual, su dirigente Antonio Paredes intenta liberar a la ciudad del control español en el que había caído desde la caída de la Segunda República en 1814.
La historia de la ciudad ha estado muy ligada a la historia de la Universidad de Los Andes y su desarrollo ha sido fundamental para la misma hasta tal punto que Mariano Picón Salas llegara a decir que «Mérida es una universidad con una ciudad por dentro», durante comienzos de siglo en el año 1912, luego de ser cerrada la Universidad Central de Venezuela por el gobierno del Dictador Juan Vicente Gómez la ciudad de Mérida queda como la única en el país en disponer de acceso a la educación superior, situación que se extendería hasta el año 1922 cuando la UCV es reabierta.
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